在因医疗行为引起的侵权诉讼中，医疗机构与患者之间在距离证据的远近、接近证据的难易程度、收集证据能力的强弱等方面存在显著差异。如果按照民事诉讼的“谁主张，谁举证”的原则，患方明显处于弱势，加之医疗诉讼的特殊性，举证的过程对患方来说几乎是“不可能完成的任务”。2001年《关于民事诉讼证据的若干规定》（以下简称《规定》）第4条第1款第8项规定，“因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。”虽然没有法律明确规定，但该司法解释被广泛理解为医疗诉讼适用“举证责任倒置”，并在实践中广泛适用。举证责任倒置适用近10年时间里，对举证责任倒置的理解和应用似乎越来越违背立法者的本意。在司法实践中，举证责任实际上是在医患双方之间流动的，而不是由医方至始至终承担全部举证责任。问题在于，不仅一些患者有这种错误理解，医生似乎大多也这样认为。一些律师采取其他手段阻止医疗事故鉴定的进行，也让举证责任倒置更加“偏离正轨”。举证倒置措施的初衷是好的，但却带来了两个负面后果：一是部分患者无事也告医院；二是迫使部分医师本能地多做检查，留下证据保护自己，而最终加剧了看病贵。

    2009年12月26日，比《规定》法律位阶更高的《侵权责任法》正式出台，似乎终结了举证责任倒置。相比原来的过错及因果关系的双推定原则，《侵权责任法》第54条明确规定，医疗侵权行为的归责原则为过错责任原则。在患者因诊疗活动受到损害而与医疗机构发生损害赔偿纠纷的诉讼中，原告患者须就 “医疗机构及其医务人员有过错”进行举证，并承担举证不能的后果。但《侵权责任法》第58条又同时规定，患者有损害，因下列情形之一的，推定医疗机构有过错……”这种“推定”过错与原来的举证责任倒置有很大的不同。原来是从“损害”直接推定“过错”，从现在的规定来看，必须要符合“违反法律、行政法规、规章以及其他有关诊疗规范的规定”，虽然过错的推定依然适用举证责任倒置，但一定程度上实现了有条件的过错推定。